Ribosome & polysome profiling送样指南

2023-10-13 10:20 admin

收样前请注意


注意事项


1/放线菌酮:处理细胞的胰酶与PBS中尽量也加放线菌酮。

2/建议用尖底的冻存管,便于离心收集沉淀。

3/建议液氮速冻时间5min以上,再转移到-80冰箱。 

4/为确保实验的顺利,强烈建议同一样品准备2部分样品降解,还需重新取材、制备或送样,耽误宝贵时间。

5/收样的细胞,如无特殊要求,需保证细胞处于指数生长期,细胞不能长的太满。接触抑制会严重影响细胞的翻译状态!

6/收样过程动作尽量轻柔且快速,避免样品反复冻融。

7/其余样品类型收样详情可联系工作人员。


01生物学重复

取样过程中,为了减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、操作过程等方面尽可能保持一致,否则会影响实验结果的可重复性和可信度。


02样品的保存


取样后,在简单处理并标记后,-80冰箱保存,以避免实验操作前样品降解的可能性。


送样指南



01贴壁细胞收样(>1X107


1)从培养箱中取出贴壁细胞,显微镜下观察细胞,确定生长状态良好。

2待细胞密度达70%~80%,加入放线菌酮(CHX, 浓度为100μg/mL))到培养基阻滞翻译, 37培养细胞15分钟

3胰酶(0.25%)消化后,收细胞同常规操作。最后加入预冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,转至冻存管后离心去上清,置于液氮中速冻 后放于-80℃保存备用。


02悬浮细胞(>1X107

1从培养箱中取出悬浮细胞,显微镜下观察细胞,确定生长状态良好。
2
待细胞密度达70%~80%,加入放线菌酮(CHX, 浓度为100μg /mL))到培养基阻滞翻译, 37培养细胞15分钟
3)离心收集细胞后,加入预冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,转至冻存管后离心去上清,置于液氮中速冻后放于-80℃保存备用。


03血液样本


外周血中,外周血单个核细胞(PBMC)在机体免疫中发挥了极其重要的作用。将血液中多核细胞和红细胞去除后,可分离出PBMC,从而能够方便地模拟体外的血液免疫环境。PBMC的体积、形态和比重与外周血其他细胞不同,其比重为1.070左右,而红细胞和多核白细胞的比重超过1.080。通过利用介于两者比重之间的溶液(分层液或密度梯度分离液)做密度梯度离心,使一定密度的细胞按相应密度梯度分布,可将各种血细胞与PBMC分离。具体操作如下:

1. 使用EDTA抗凝管(BD0202992058)采集6 mL外周血。

2.将新鲜血液转移到15mL离心管中,室温2000rpm离心10min

3. 1mL移液器小心将上层血清吸出。

4. 将上述已去血清后的血液用生理盐水按照1:1(体积比)进行稀释,轻轻吹打3-5次混匀。

5. Ficoll试剂充分震荡,上下颠倒5-10次混匀,分装到15ml离心管中(Ficoll溶液与稀释后的血液体积比为3:4),竖直放置到水平台面上静止备用。

6. 将稀释好的血液用移液管缓慢均匀加入到竖直放置在台面的含Ficoll溶液的离心管中。(Ficoll溶液与稀释后的血液体积比为3:4

7. 将离心管小心缓慢转移至离心机中,尽量减少晃动,保持离心管竖直,以避免打破液面分层。室温400×g,升降速为1,离心30分钟。

8. 离心结束后分4层,由下到上分别为红细胞、Ficoll溶液、淋巴细胞层、生理盐水。

9. 用移液枪吸取一部分生理盐水,将枪头插进淋巴细胞层中小心吸取,转移至新的15mL离心管中。尽量避免吸取到下层或上层的细胞造成污染。

10. 加入10mL生理盐水至上述转移出来的淋巴细胞中,轻轻吹打混匀,室温100×g,离心10min

11. 弃上清,加入1mL红细胞裂解液,裂解3min。室温300×g,离心5min

12.弃上清,加入10mL生理盐水轻轻吹打混匀,室温100×g8min离心。重复2次。

13. 弃上清,用1640完全培养基重悬细胞,加入放线菌酮(CHX, 终浓度为100μg/mL))到培养基阻滞翻译, 37℃培养细胞15分钟。

14. 同时取样进行台盼蓝染色,看细胞活率、细胞浓度。

15. 离心收集细胞后,加入预冷的PBS (0.01M,含100μg/mL CHX)洗三遍后,转至冻存管后离心去上清,置于液氮中速冻后放于-80℃保存备用。


04动物组织样品(>100mg)


斑马鱼胚胎

(1)当胚胎处于适当的阶段,去除绒毛膜(或手动或按标准方案使用pronase)

(2)室温E3培养基清洗2次。

(3)E3培养基中加入放线菌酮(100µg/mL)室温下孵育胚胎5分钟

(4)移液器将胚胎转移到冰上的epppendorf试管中

(5)在液氮中快速冷冻,在-80℃保存。

(6)填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。


哺乳动物组织

注意:翻译是高度动态变化的,对内部和外部信号都有快速的反应。为了准确测量整个组织的体内翻译情况,必须尽快切除并快速冷冻相关组织,最大限度地减少了核糖体从转录本上脱落而引起的翻译变化。

1)准备必要的手术工具,确保操作环境无RNase,备好液氮

2)按照实验室的标准程序,迅速处死动物并摘取目的组织

3)用高压灭菌后的无RNase PBS清洗组织,去除多余的结缔组织血液

4)在液氮中快速冷冻组织冷冻后碾磨成粉末转移冻存管。

5-80度保存,干冰运输。


05植物组织(>100mg)

(1)准确取得所需组织后,预冷的PBS冲洗干净,立即用准备好的铝箔包裹组织。
2)立即投入液氮冷冻,冷冻后碾磨成粉末转移冻存管,-80度保存,干冰运输。



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